實時熒光定量 PCR，簡稱 RT-QPCR, 屬于 Q-PCR 的一種，目前該技術(shù)已得
到廣泛應(yīng)用，如：擴增特異性分析、基因定量分析、基因分型、SNP 分析等。熒
光定量 PCR 常用的方法是 DNA 結(jié)合染料 SYBR GreenⅠ的非特異性方法和
Taqman 水解探針的特異性方法。
 
SYBR Green I 是一種結(jié)合于所有 dsDNA 雙螺旋小溝區(qū)域的具有綠色激發(fā)波
長的熒光染料，可與所有的各種序列的雙鏈 DNA 分子結(jié)合。在游離狀態(tài)下，
SYBR Green I 發(fā)出微弱的熒光，但一旦與雙鏈 DNA 結(jié)合，嵌入至 dsDNA，熒
光大大增強。
因此，SYBR Green I 的熒光信號強度與雙鏈 DNA 的數(shù)量相關(guān)，PCR 擴增
不同時期中，dsDNA 含量不同，SYBR Green I 熒光信號強度不同?？梢愿鶕?jù)熒
光信號檢測出 PCR 體系存在的雙鏈 DNA 數(shù)量，并可根據(jù)對照進行相關(guān)的計算
和分析。
實驗前準備
實驗開始前，需準備好實驗所需的各種試劑和耗材。
試劑包括：特異性 PCR 引物，新鮮提取備用的總 RNA。
使用的試劑盒有：用于合成 cDNA 第一鏈的羅氏試劑盒 Transcriptor First
Strand cDNA Synthesis Kit，包含了 cDNA 反應(yīng)所需要的所有實驗組分以及相關(guān)
的正對照反應(yīng)組分。配套 LightCycler® 480 使用的試劑盒 LightCycler® 480 SYBR Green I Master，
包含了 PCR 所需的各種實驗組分，如 1 號管中包含熱啟動 Taq DNA Polymerase
及反應(yīng)緩沖液，dNTP mix，SYBR Green I 染料和 MgCl2
正式試驗開始前，冰上解凍各個試劑及試劑盒組分，置于冰上待用。注意：
SYBR Green I Master 需避光放置。
所需儀器與耗材有： LightCycler® 480 全自動實時定量 PCR 儀以及配
套使用的 96 或 384 多孔板，透明封板膜等一次性耗材。朗基T30 PCR 儀、rainin單道移液器、Nunc 冰盒及NEST 盒裝吸頭等。
 
實驗操作流程：
1.用新鮮提取的 RNA 反轉(zhuǎn) 錄合成 cDNA 第一鏈，然后進行實時熒光定量 PCR，其中包括：SYBR Green 反 應(yīng)體系的配置；PCR 程序設(shè)置；運行 PCR 實驗，樣品編輯和結(jié)果分析。
2.反轉(zhuǎn)錄反應(yīng) :
反轉(zhuǎn)錄合成 cDNA 第一鏈實驗操作時注意：所有 RNA 相關(guān)的操作均要佩戴手套，防止 RNase 污染。
相關(guān)操作嚴格按照試劑盒使用說明進行相關(guān)操作。
按照體系配方在冰上的 Rnase free 的滅菌 PCR 管中配置 Template primer mix，
總體系 13μl，本實驗是聯(lián)合使用 anchored oligo dT 引物和隨機六聚體引物進行
的反轉(zhuǎn)錄。先配置 NTC 對照，加入 9 號管水 10μl、 6 號管的 50mM oligo dT 引
物 1μl、5 號管的 0.6mM 隨機六聚體引物 2μl，混勻。然后進行樣品一號管的體
系配置，依次加入 1μl 已調(diào)整濃度的總 RNA、1μl oligo dT 引物、2μl 隨機六聚體
引物、最后加 9μl 水補充至總體積 13μl，混勻。其他樣品管，參照 1 號管的配置
方法，依次加好反應(yīng)體系。
注意：可將總RNA的模板量適當調(diào)整至 10ng-5μg，mRNA調(diào)整至 1-100ng。
若 RNA 樣品濃度較低，則可加入 10μg/ml 的 MS2 RNA 來穩(wěn)定模板 RNA。
將配好的反應(yīng) mix 在 PCR 儀中 65℃變性 10min，可有效減少 RNA 的二級
結(jié)構(gòu)。加熱后迅速置于冰上驟冷，放置 5min。
在反應(yīng) Template primer mix 中按體系配方順序，依次加入以下試劑：2 號管
的 5×反轉(zhuǎn)錄酶 buffer，4 號管 dNTP mix，3 號管 40 U/μl 的 RNase 抑制劑，1 號
管 20 U/μl 的反轉(zhuǎn)錄酶，最終體積為 20μl。
若樣品數(shù)較多，先配置反應(yīng) mix 再分裝，小心吸打混合，切勿渦旋振蕩?；靹蚝笥谒矔r離心機上短暫離心，使樣品和反應(yīng)液落至離心管底部。
將離心管放置 PCR 中，根據(jù)使用的引物以及目標 mRNA 的片段長度進行程
序設(shè)置。本實驗反應(yīng)溫度和時間設(shè)置為：25℃，10min，55℃反應(yīng) 30min。反應(yīng)完畢后，于 85℃下加熱 5min 滅活反轉(zhuǎn)錄酶，再置于冰上停止反應(yīng)。
此反應(yīng)產(chǎn)物可于 2-8℃存放 1-2h，或在-15 至-25℃下存放更長時間。
3. Q-PCR 擴增
cDNA 產(chǎn)物無需進行純化即可用于后續(xù)的 PCR 反應(yīng)。20μl 的 PCR 反應(yīng)體系
可取 2-5μl cDNA 反應(yīng)產(chǎn)物進行擴增。此試劑盒中的反轉(zhuǎn)錄酶具有 RNase H 活性，
可以在 cDNA 合成之后去除 RNA 模版，減少其對后續(xù) PCR 的影響。
本部分實驗，我們選用 SYBR Green I Master 試劑盒進行定量分析。
本實驗共設(shè)置 5 個標準樣品，包含 1 個標記為 0 的空白對照，5 個反轉(zhuǎn)錄樣
品，包含 NTC 對照，由于樣品數(shù)較多，先配制不含模版的總體系，再分裝為 10
管，加入各個樣品的模板后，再將每個樣品分裝為 3 個復孔。
按照體系配方分別加入綠色蓋子的 2×Master Mix，10x Primer 上下游引物，
PCR 級別水?？傮w系配好后，在用移液槍輕柔吸打均勻，然后分裝為 10 管，每
管 55μl。往 10 管中分別加入各個樣品對應(yīng)的調(diào)整好濃度的 cDNA。
STD 零加入 6μl 水代替模板，其余 STD 分別加入 6μl 已經(jīng)逐級稀釋好的標
樣模板。反轉(zhuǎn)錄樣品分別加入 6μl 濃度調(diào)整好的模板 DNA，包含 NTC?；靹颍?br/>然后將每個樣按 20μl 每孔分裝至 96 孔板中。用封孔膜蓋好 96 孔板，將多孔板
置于合適的離心機中 1500×g 配平離心 2min 將準備好的 96 孔板放置在 LightCycler® 480 設(shè)備中。
4.程序設(shè)定
雙擊打開 LightCycler® 480 的 1.5 軟件并登陸，自動進入軟件界面，點擊 new
experiment,在 Detection Format 選項中選擇 SYBR Green I 模式, 點擊 OK 完成檢
測通道的設(shè)定,
接下來設(shè)置反應(yīng)體積，對于 96 模塊，反應(yīng)體系為 10μl-100μl 之間，本實驗
是設(shè)定 20μl 的反應(yīng)體系。
在 Program Name 中輸入反應(yīng)名稱 pre incubation，預變性設(shè)定 1 個循環(huán)，
無需進行熒光的收集，執(zhí)行的溫度和時間設(shè)定為 95℃ 10min，視圖會根據(jù)設(shè)定
進行實時的調(diào)整。點擊增加按鈕，輸入 Amplification，定義擴增循環(huán)的次數(shù)為 45 次，并選擇
熒光的收集功能 Quantification，然后設(shè)定 PCR 擴增循環(huán)的溫度與時間為 95℃ 10
s，點擊增加按鈕，設(shè)定退火溫度和時間為 60℃ 10s，以上兩步 Acquisition Mode
都默認選擇 None，繼續(xù)點擊增加按鈕，設(shè)置延伸溫度和時間為 72℃ 20s，
Acquisition Mode 選擇 Single，Ramp Rate 均按自動調(diào)整值，無需再設(shè)置。
設(shè)置溶解曲線，在 Program 中的新的一行中輸入 Melting Curves，1 個循環(huán)
數(shù)，Analysis Mode 選擇 Melting Curves，時間和溫度設(shè)置為 95℃ 5s，點擊增加
按鈕，新增設(shè)置溫度和時間為 65℃ 1min，以上兩步 Acquisition Mode 都默認選
擇 None。點擊增加按鈕，新增設(shè)置溫度為 95℃，Acquisition Mode 選擇 Continuous,，
其他設(shè)置無需改動。
設(shè)置保溫的過程 Cooling，只需 1 個循環(huán)，無需收集熒光，設(shè)定溫度和時間
為 40℃、1min。設(shè)置完成后點擊右邊的保存按鈕保存設(shè)置的程序。此時整個 PCR
的循環(huán)體系、溫度的設(shè)置已經(jīng)設(shè)定完畢。
點擊 Start run 開始運行 PCR 反應(yīng)，此時可在軟件上實時監(jiān)測樣品擴增情況。
5.樣品編輯
實驗結(jié)束，點擊 Sample Editor，進入樣本編輯區(qū)。
Select Workflow 中選擇 Abs Quant。根據(jù)樣本在板中排布的方式進行樣本編
輯。設(shè)置陰性對照、空白對照、標準品以及未知樣品等。
在 Select Sample 中，選中需要設(shè)置的樣品孔。在下一欄中的 Sample Name
輸入被選擇樣品組的名稱，并在 Sample Type 中選擇樣品組的類型，最后點擊
Make Replicates 設(shè)置復孔。標準品設(shè)置時，需填寫拷貝數(shù)，只需填寫好稀釋倍數(shù)，
初始濃度即可。編輯好樣品后，即可進行數(shù)據(jù)分析。如有需要，也可進行子集編
輯。
6.結(jié)果分析
樣品編輯好后，可進行實驗結(jié)果分析。
點擊左邊欄下方的 sum 按鈕，相應(yīng)出現(xiàn)實驗的所有信息，包括：設(shè)計的反
應(yīng)程序，實驗結(jié)果分析等。
點擊 analysis，可以根據(jù)樣品已有的數(shù)據(jù)進行細致準確地分析。點擊 Abs Quant second derivative max，彈出 create new analysis 窗口，在 Subset
選項中選擇分析樣品的分布區(qū)域，點擊確定，即可出現(xiàn)分析圖：相應(yīng)樣品的擴增
曲線。
Standard Curve 是根據(jù)標準品得出的標準曲線，曲線左側(cè)標有擴增效率、斜
率、截距、線性關(guān)系、以及錯誤率。一般“Error"值越小，說明實驗的準確率越高。
擴增效率如果越接近“2"，說明這次的擴增反應(yīng)越好。
在數(shù)據(jù)表格，可顯示單個樣本的 Cp 值，以及相應(yīng)的樣本濃度值。
按復孔進行數(shù)據(jù)統(tǒng)計，顯示 Cp 平均值，方差，濃度的平均值以及方差。
蘇州阿爾法生物提供的實時熒光定量PCR儀、高速離心機、恒溫混勻儀、rainin移液器等試驗設(shè)備及1.5ml離心管、pcr管、酶標板等實驗耗材，廣泛用于熒光定量PCR實驗。